第六十一幕　残された十本刀・生きてゆくための選択

志々雄のアジトから無事脱出を果たした左之助と蒼紫は、傷ついた剣心をかかえ、仲間が待つ葵屋に帰って来た。それから一ヶ月後のある日、刀狩の張が残された「十本刀」の処遇を伝えにやってきた。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：工堂紘軌　演出：清水 明　作画監督：小林利充

第六十二幕　京都…刻まれた記憶・想いを馳せた出発

東京へ帰る日を明日に迎えた剣心一行。出発の前日、京都で己の中の「人斬り」に決着をつけた剣心は、十年ぶりに墓参りに訪れていた。翌日、剣心たちは操に見送られて、東京への帰路に着いた…。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：三鷹敏郎　演出：大町 繁　作画監督：松島 晃

第六十三幕　願い蛍の伝説・ある剣客を待ち続けた少女

京都から戻って間もないある日、剣心は夕食のおかずを調達するため、川へ釣りに出かけた。そこで剣心はある老人と会い、その地に古くから伝わるという「願い蛍」の伝説を語り聞かされたのだった。

脚本：島田 満　絵コンテ：遠藤克巳　演出：宮崎一哉　作画監督：細山正樹

第六十四幕　弥彦王子誕生？華麗なる社交界でびゅー

剣心と薫は芝居見物の帰り道、悪漢に襲われていたジャガラタ国のシン王子とその忠臣・マルケス村上を助けた。翌日の晩餐会に、シン王子と瓜二つの弥彦が、代わりに出席することになったのだが…。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：榎本明広　演出：下司泰弘　作画監督：しんぼたくろう

第六十五幕　消えたお宝を探せ！名探偵犬・ノ太郎

ある日、左之助は神社の境内で行き倒れていた犬を拾い、ノ太郎と名づけて面倒を見ることになった。だが、拳法使いのゴロツキ集団「拳和団」がノ太郎を狙って、左之助といるところを襲ってきた!!

脚本：菅 良幸　絵コンテ：工堂紘軌　演出：清水 明　作画監督：小林利充

第六十六幕　薫 感激　剣心のぷろぽ～ず!?

七夕の日の前日、薫は牛鍋屋「赤べこ」の妙さんから、西洋に伝わる婚約指輪の風習を教えてもらう。七夕の日に大好きな男性から指輪を贈られると幸せになれると聞いた薫は、ひとり妄想の世界に…。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：馳樹 良　演出：古橋一浩　作画監督：小林一幸

第六十七幕　煌めく伝説の剣！神秘の剣士・天草翔伍

京都に、自らを「神の子」と名乗る暗殺者が現れ、謎の予告状のとおり、旧幕府の要人が殺される事件が勃発した。正体を見定めようとした操だったが、暗殺者の術を受け、昏睡状態に陥ってしまう。

脚本：島田 満　絵コンテ：西村純二　演出：則座 誠　作画監督：斎藤哲人

第六十八幕　運命のメダリオ・左之助と小夜の出会い

暗殺者の正体は飛天御剣流の使い手・天草翔伍だった！京都に着いた剣心たちは、翔伍と一戦を交えて負傷した張から彼の強さを聞く。一方、左之助は山奥で奇妙な集会を開いていた小夜と庄三に出会う。

脚本：島田 満　絵コンテ：渡辺純央　演出：菱川直樹　作画監督：佐藤和巳

第六十九幕　対戦の地、島原へ！雌雄を決する時

島原に「神の国」建国をもくろむ翔伍の野望を砕くため、剣心たちは長崎の地を訪れる。島原の地下洞窟に潜入した剣心と左之助は、翔伍の部下である宣教師・傀王が放った刺客に強襲されてしまう!!

脚本：島田 満　絵コンテ：四阿蔵志　演出：うえだしげる　作画監督：中谷誠一

第七十幕　雷龍閃の衝撃！闇に葬られた剣心

翔伍の部下・源右衛門の案内で、岬で待つ剣心の元に姿を現した翔伍。ついに「飛天御剣流」を極めた者同士の壮絶な闘いが始まった。だが翔伍の「天上の剣」は、圧倒的な力で剣心を追い詰めていく!!

脚本：島田 満　絵コンテ：寺東克己　演出：守岡　博　作画監督：徳田夢之介