第二十一幕　悪夢の崩壊！雷十太の野望・完結編

塚山邸で雷十太と相対した剣心は、一対一の勝負を申し出る。激闘の中、闘いを止めようとした由太郎の右手に雷十太の秘剣「飯綱」が直撃。雷十太の卑劣な行為に対し、剣心の怒りが頂点に達した！

脚本：島田 満　絵コンテ：高本宣弘　演出：高本宣弘　作画監督：小林一幸

第二十二幕　初乗り！暴走陸蒸気びっくり大事件

気晴らしにと、陸蒸気に乗り込んだ剣心一行。その車内には、積み荷を狙う強盗団が潜んでいた。そのことを知り、阻止しようとする剣心たちだが、待ち伏せしていた強盗団一味に襲撃されてしまう。

脚本：横手美智子　絵コンテ：青木康直　演出：青木康直　作画監督：青木康浩

第二十三幕　左之助の裏切り!?運命の再会

赤報隊の相楽総三の錦絵を描く月岡津南を訪ねた左之助。その正体は、赤報隊の同志・月岡克浩だった。赤報隊に汚名をきせた明治政府転覆を画策する津南の想いを汲み取り、左之助は協力を決意する。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：吉田俊司　演出：吉田俊司　作画監督：谷口守泰

第二十四幕　真夜中の戦い！左之助対剣心ふたたび

左之助は“最後”とばかりに剣心たちを呼び出し、宴会を催す。その晩、内務省に侵入した左之助と津南の前に、2人の凶行を察知していた剣心が立ち塞がる。剣心の逆刃刀と左之助の拳が激突した！

脚本：菅 良幸　絵コンテ：遡玉洩穂　演出：清水 明　作画監督：小林利充

第二十五幕　真紅の海賊・引き裂かれた剣心と薫

海賊“海龍”から積み荷を守る用心棒として、千本屋の輸送船に乗り込んだ剣心たち。襲撃を受けた剣心は海賊の頭・朱羅と闘う。しかし、危険にさらされた薫に代わり、剣心は自分の身を差し出す。

脚本：島田 満　絵コンテ：横田 和　演出：腰 繁男　作画監督：松島 晃

第二十六幕　稲妻の化身！誇り高き謎の女海賊、朱羅

朱羅は捕虜となった剣心に再戦を望むが、剣心の覚悟を感じ、決着を諦める。その頃、頭の座を狙う銀丈が銃器弾薬を手に入れていた。朱羅に銃弾が放たれた瞬間、剣心は朱羅を抱えて滝壷へ飛び込む。

脚本：島田 満　絵コンテ：村山 靖　演出：村山　靖　作画監督：柳沢まさひで

第二十七幕　燃え上がる戦慄の島！真紅の海賊・完結編

仲間に裏切られた朱羅は、絶望のあまり自害しようとするが剣心に諭され、誇りを取り戻す。頭の責任を全うすべく、朱羅は独りで銀丈たちの元へ乗り込む。苦戦する朱羅の前に、剣心が駆けつけた！

脚本：島田 満　絵コンテ：榎本明広　演出：福多 潤　作画監督：榎本明広

第二十八幕　新たなる血戦への序曲・迫り来る狼の影！

突如、神谷道場にやって来た謎の男・藤田。彼の目的が剣心だと察知した左之助は闘いを挑むが、なす術なく倒されてしまう。なんと藤田の正体は、元・新撰組三番隊組長、斉藤一だったのだ…。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：高本宣弘　演出：高本宣弘　作画監督：小林一幸

第二十九幕　史上最強の宿敵！襲いかかる非情の牙

道場へ戻った剣心に、斉藤から決闘の申し入れが届く。しかし、決闘の場で剣心を待っていたのは、暗殺者・赤末有人だった。赤松を一蹴し道場へ帰る剣心。すると道場には不敵な斎藤一の姿が…。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：遡玉洩穂　演出：清水 明　作画監督：小林利充

第三十幕　復讐の悪鬼・志々雄真実の謀略

かつての宿敵である斉藤一との壮絶な闘いの中で、次第に“人斬り抜刀斎”として覚醒していく剣心…。ついに2人が決着をつけようとしたそのとき、明治政府内務卿・大久保利通が道場に現れる。

脚本：島田 満　絵コンテ：古橋一浩　演出：古橋一浩　作画監督：柳沢まさひで